Everything
All Classes
MolKit.APBSParameters.APBSParams
MolKit.APBSParameters.Ion
MolKit.GapFinder.FindGap
MolKit.MolecularDescriptor.MolecularDescriptorMixIn
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.AddHydrogens
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.AddKollmanCharges
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.AddPolarHydrogens
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.AssignRadii
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.AtomsAsCPK
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.AtomsAsMSMS
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.AtomsAsSticks
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.AtomsProperty
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.BondsByDist
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.BondsGeometry
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.CPKMacro
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.CalculateGasteigerCharges
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.CenterAndRadius
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.CrystalToCartesian
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.GetBuriedMSMS
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.GetMSMSareas
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.GetMSMStriangles
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.LinesMacro
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.MSMSMacro
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.MsmsServer
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.NodeSelector
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.PDB_SYMTRY
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.ParseCryst1
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.PublicHttpServer
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.RMSDFromTwoAtomSet
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.ReadMSMS
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.ReadMolecule
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.RemoteMSMS
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.SESVertices
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.SaveMSMS
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.SpheresAsMSMS
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.SurfaceAtoms
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.WriteMolecule
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.WritePDB
MolKit.VisionInterface.MolKitTypes.AtomSetType
MolKit.VisionInterface.MolKitTypes.AtomType
MolKit.VisionInterface.MolKitTypes.ChainSetType
MolKit.VisionInterface.MolKitTypes.ChainType
MolKit.VisionInterface.MolKitTypes.CrystToReal
MolKit.VisionInterface.MolKitTypes.MSMSobjectType
MolKit.VisionInterface.MolKitTypes.MoleculeSetType
MolKit.VisionInterface.MolKitTypes.MoleculeType
MolKit.VisionInterface.MolKitTypes.ResidueSetType
MolKit.VisionInterface.MolKitTypes.ResidueType
MolKit.VisionInterface.MolKitTypes.TreeNodeSetType
MolKit.VisionInterface.MolKitTypes.TreeNodeType
MolKit.bondClassifier.BondClassifier
MolKit.bondSelector.AmideBondSelector
MolKit.bondSelector.AromaticCycleBondSelector
MolKit.bondSelector.AromaticCycleBondSelector2
MolKit.bondSelector.BondBranchBondSelector
MolKit.bondSelector.BondElementBondSelector
MolKit.bondSelector.BondOrderBondSelector
MolKit.bondSelector.BondSelector
MolKit.bondSelector.CycleBondSelector
MolKit.bondSelector.GuanidiniumBondSelector
MolKit.bondSelector.HydrogenRotatorBondSelector
MolKit.bondSelector.LeafBondSelector
MolKit.bondSelector.PeptideAromaticCycleBondSelector
MolKit.bondSelector.PeptideBackBoneBondSelector
MolKit.bondSelector.RotatableBondSelector
MolKit.chargeCalculator.ChargeCalculator
MolKit.chargeCalculator.GasteigerChargeCalculator
MolKit.chargeCalculator.KollmanChargeCalculator
MolKit.distanceSelector.CloserThanVDWPlusConstantSelector
MolKit.distanceSelector.CloserThanVDWSelector
MolKit.distanceSelector.DistanceSelector
MolKit.distanceSelector.FartherThanSelector
MolKit.genPdbParser.AtomRecFieldSpecs
MolKit.genPdbParser.ColumnSpecs
MolKit.genPdbParser.GenPdbParser
MolKit.genPdbParser.IndexSpecs
MolKit.getsecondarystructure.GetSecondaryStructure
MolKit.getsecondarystructure.GetSecondaryStructureFromFile
MolKit.getsecondarystructure.GetSecondaryStructureFromStride
MolKit.groParser.groParser
MolKit.hydrogenBondBuilder.HydrogenBondBuilder
MolKit.hydrogenBuilder.HydrogenBuilder
MolKit.hydrogenBuilder.PolarHydrogenBuilder
MolKit.interactionDescriptor.InteractionDescriptor
MolKit.listSet.ListSet
MolKit.mmcifParser.MMCIFParser
MolKit.mmcifWriter.MMCIFWriter
MolKit.mol2Parser.Mol2Parser
MolKit.molecule.Atom
MolKit.molecule.AtomSet
MolKit.molecule.AtomSetSelector
MolKit.molecule.Bond
MolKit.molecule.BondSet
MolKit.molecule.BondSetSelector
MolKit.molecule.HydrogenBond
MolKit.molecule.HydrogenBondSet
MolKit.molecule.MolecularSystem
MolKit.molecule.Molecule
MolKit.molecule.MoleculeSet
MolKit.molecule.MoleculeSetSelector
MolKit.moleculeParser.MoleculeParser
MolKit.moleculeWriter.MoleculeWriter
MolKit.oxtBuilder.OxtBuilder
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.NEWligand_topology.get_ligand_topology
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.apbs.APBSError
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.example.APBSError
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.inputgen_pKa.inputGen
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.ligand_topology.get_ligand_topology
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.ligandclean.ligff.ligand_charge_handler
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.ligandclean.ligff.ligforcefield
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pKa_base.DefTitration
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pKa_base.pKa
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pKa_base.pKaGroup
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pMC_mult.DoubleVector
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pMC_mult.FloatVector
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pMC_mult.IntVector
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pMC_mult.MC
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pMC_mult.PySwigIterator
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.charge_mon
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.pKaRoutines
MolKit.pdb2pqr.src.aa.ALA
MolKit.pdb2pqr.src.aa.ARG
MolKit.pdb2pqr.src.aa.ASN
MolKit.pdb2pqr.src.aa.ASP
MolKit.pdb2pqr.src.aa.Amino
MolKit.pdb2pqr.src.aa.CYS
MolKit.pdb2pqr.src.aa.GLN
MolKit.pdb2pqr.src.aa.GLU
MolKit.pdb2pqr.src.aa.GLY
MolKit.pdb2pqr.src.aa.HIS
MolKit.pdb2pqr.src.aa.ILE
MolKit.pdb2pqr.src.aa.LEU
MolKit.pdb2pqr.src.aa.LIG
MolKit.pdb2pqr.src.aa.LYS
MolKit.pdb2pqr.src.aa.MET
MolKit.pdb2pqr.src.aa.PHE
MolKit.pdb2pqr.src.aa.PRO
MolKit.pdb2pqr.src.aa.SER
MolKit.pdb2pqr.src.aa.THR
MolKit.pdb2pqr.src.aa.TRP
MolKit.pdb2pqr.src.aa.TYR
MolKit.pdb2pqr.src.aa.VAL
MolKit.pdb2pqr.src.aa.WAT
MolKit.pdb2pqr.src.definitions.Definition
MolKit.pdb2pqr.src.definitions.DefinitionAtom
MolKit.pdb2pqr.src.definitions.DefinitionHandler
MolKit.pdb2pqr.src.definitions.DefinitionResidue
MolKit.pdb2pqr.src.definitions.Patch
MolKit.pdb2pqr.src.forcefield.Forcefield
MolKit.pdb2pqr.src.forcefield.ForcefieldAtom
MolKit.pdb2pqr.src.forcefield.ForcefieldHandler
MolKit.pdb2pqr.src.forcefield.ForcefieldResidue
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.Alcoholic
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.Carboxylic
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.Flip
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.HydrogenHandler
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.OptimizationHolder
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.Optimize
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.PotentialBond
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.Water
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.hydrogenRoutines
MolKit.pdb2pqr.src.inputgen.Elec
MolKit.pdb2pqr.src.inputgen.Input
MolKit.pdb2pqr.src.na.A
MolKit.pdb2pqr.src.na.C
MolKit.pdb2pqr.src.na.G
MolKit.pdb2pqr.src.na.Nucleic
MolKit.pdb2pqr.src.na.T
MolKit.pdb2pqr.src.na.U
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.ANISOU
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.ATOM
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.AUTHOR
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.CAVEAT
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.CISPEP
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.COMPND
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.CONECT
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.CRYST1
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.DBREF
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.END
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.ENDMDL
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.EXPDTA
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.FORMUL
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.HEADER
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.HELIX
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.HET
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.HETATM
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.HETNAM
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.HETSYN
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.HYDBND
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.JRNL
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.KEYWDS
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.LINK
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.MASTER
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.MODEL
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.MODRES
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.MOL2BOND
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.MOL2MOLECULE
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.MTRIX1
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.MTRIX2
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.MTRIX3
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.OBSLTE
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.ORIGX1
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.ORIGX2
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.ORIGX3
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.REMARK
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.REVDAT
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.SCALE1
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.SCALE2
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.SCALE3
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.SEQADV
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.SEQRES
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.SHEET
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.SIGATM
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.SIGUIJ
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.SITE
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.SLTBRG
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.SOURCE
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.SPRSDE
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.SSBOND
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.TER
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.TITLE
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.TURN
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.TVECT
MolKit.pdb2pqr.src.protein.Protein
MolKit.pdb2pqr.src.psize.Psize
MolKit.pdb2pqr.src.routines.Cells
MolKit.pdb2pqr.src.routines.Routines
MolKit.pdb2pqr.src.structures.Atom
MolKit.pdb2pqr.src.structures.Chain
MolKit.pdb2pqr.src.structures.Residue
MolKit.pdbParser.PQRParser
MolKit.pdbParser.PdbParser
MolKit.pdbParser.PdbqParser
MolKit.pdbParser.PdbqsParser
MolKit.pdbParser.PdbqtParser
MolKit.pdbWriter.PdbWriter
MolKit.pdbWriter.PdbqWriter
MolKit.pdbWriter.PdbqsWriter
MolKit.pdbWriter.PdbqtWriter
MolKit.pqrWriter.PqrWriter
MolKit.protein.Chain
MolKit.protein.ChainSet
MolKit.protein.ChainSetSelector
MolKit.protein.Coil
MolKit.protein.Helix
MolKit.protein.Protein
MolKit.protein.ProteinMolecule
MolKit.protein.ProteinSet
MolKit.protein.ProteinSetSelector
MolKit.protein.Residue
MolKit.protein.ResidueSet
MolKit.protein.ResidueSetSelector
MolKit.protein.SecondaryStructure
MolKit.protein.SecondaryStructureSet
MolKit.protein.Strand
MolKit.protein.Turn
MolKit.sets.Sets
MolKit.stringSelector.CompoundStringSelector
MolKit.stringSelector.MVStringSelector
MolKit.stringSelector.Mv102StringSelector
MolKit.stringSelector.StringSelector
MolKit.torTree.TorTree
MolKit.trajParser.trrParser
MolKit.trajParser.xtcParser
MolKit.tree.TreeNode
MolKit.tree.TreeNodeSet
MolKit.tree.TreeNodeSetSelector
float
int
All Functions
MolKit.APBSParameters.checkKeywords
MolKit.Read
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.importMolKitLib
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.importSymServLib
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.importVizLib
MolKit.WritePDB
MolKit.chargeMass.getChargeMass
MolKit.data.Read
MolKit.data.WritePDB
MolKit.data.build_all_in.buildRes
MolKit.data.build_all_in.buildResDict
MolKit.data.build_all_in.getAtom
MolKit.data.build_all_in.getChargeInfo
MolKit.data.build_all_in.getDUMMList
MolKit.data.build_all_in.getImpropInfo
MolKit.data.build_all_in.getLoopInfo
MolKit.data.build_all_in.write
MolKit.hydrogenBondBuilder.applyTransformation
MolKit.hydrogenBondBuilder.dist
MolKit.hydrogenBondBuilder.getAngle
MolKit.hydrogenBondBuilder.getTransformedCoords
MolKit.molecule.dist
MolKit.pdb2pqr.extensions.chi.chi
MolKit.pdb2pqr.extensions.chi.usage
MolKit.pdb2pqr.extensions.hbond.hbond
MolKit.pdb2pqr.extensions.hbond.usage
MolKit.pdb2pqr.extensions.phi.phi
MolKit.pdb2pqr.extensions.phi.usage
MolKit.pdb2pqr.extensions.psi.psi
MolKit.pdb2pqr.extensions.psi.usage
MolKit.pdb2pqr.extensions.rama.rama
MolKit.pdb2pqr.extensions.rama.usage
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.NEWligand_topology.length
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.apbs.getUnitConversion
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.apbs.runAPBS
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.example.getUnitConversion
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.example.runAPBS
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.inputgen_pKa.main
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.ligand_topology.length
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.ligandclean.ligff.initialize
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.ligandclean.peoe_PDB2PQR.PEOE
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.is_sameatom
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.pre_init
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.startpKa
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.test_interface
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.usage
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.getAvailableExtensions
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.mainCGI
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.mainCommand
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.printHeader
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.runPDB2PQR
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.usage
MolKit.pdb2pqr.src.inputgen.main
MolKit.pdb2pqr.src.inputgen.splitInput
MolKit.pdb2pqr.src.inputgen.usage
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.getRandom
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.main
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.readAtom
MolKit.pdb2pqr.src.pdb.readPDB
MolKit.pdb2pqr.src.psize.main
MolKit.pdb2pqr.src.psize.usage
MolKit.pdb2pqr.src.quatfit.center
MolKit.pdb2pqr.src.quatfit.findCoordinates
MolKit.pdb2pqr.src.quatfit.jacobi
MolKit.pdb2pqr.src.quatfit.q2mat
MolKit.pdb2pqr.src.quatfit.qchichange
MolKit.pdb2pqr.src.quatfit.qfit
MolKit.pdb2pqr.src.quatfit.qtransform
MolKit.pdb2pqr.src.quatfit.qtrfit
MolKit.pdb2pqr.src.quatfit.rotmol
MolKit.pdb2pqr.src.quatfit.translate
MolKit.pdb2pqr.src.server.cleanTmpdir
MolKit.pdb2pqr.src.server.createError
MolKit.pdb2pqr.src.server.createResults
MolKit.pdb2pqr.src.server.getLoads
MolKit.pdb2pqr.src.server.getQuote
MolKit.pdb2pqr.src.server.logRun
MolKit.pdb2pqr.src.server.printAcceptance
MolKit.pdb2pqr.src.server.printProgress
MolKit.pdb2pqr.src.server.setID
MolKit.pdb2pqr.src.server.startServer
MolKit.pdb2pqr.src.utilities.add
MolKit.pdb2pqr.src.utilities.analyzeConnectivity
MolKit.pdb2pqr.src.utilities.cross
MolKit.pdb2pqr.src.utilities.distance
MolKit.pdb2pqr.src.utilities.dot
MolKit.pdb2pqr.src.utilities.factorial
MolKit.pdb2pqr.src.utilities.getAngle
MolKit.pdb2pqr.src.utilities.getDatFile
MolKit.pdb2pqr.src.utilities.getDihedral
MolKit.pdb2pqr.src.utilities.getFFfile
MolKit.pdb2pqr.src.utilities.getNamesFile
MolKit.pdb2pqr.src.utilities.getPDBFile
MolKit.pdb2pqr.src.utilities.normalize
MolKit.pdb2pqr.src.utilities.shortestPath
MolKit.pdb2pqr.src.utilities.sortDictByValue
MolKit.pdb2pqr.src.utilities.subtract
MolKit.protein.test_secondaryStructure
MolKit.tree.evalString
All Variables
MolKit.CRITICAL_DEPENDENCIES
MolKit.MolecularDescriptor.mol
MolKit.NONCRITICAL_DEPENDENCIES
MolKit.PDBdict.PDBFormatConstr
MolKit.PDBdict.PDBformat
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.bhtreelibFound
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.molkitlib
MolKit.VisionInterface.MolKitNodes.msmsFound
MolKit.amberPrmTop.p
MolKit.amberPrmTop.pd
MolKit.amberPrmTop.prm
MolKit.data.all_amino94_dat.all_amino94_dat
MolKit.data.all_aminoct94_dat.all_aminoct94_dat
MolKit.data.all_aminont94_dat.all_aminont94_dat
MolKit.data.all_dat.all_dat
MolKit.data.all_nuc94_dat.all_nuc94_dat
MolKit.data.allct_dat.allct_dat
MolKit.data.allnt_dat.allnt_dat
MolKit.data.build_all_in.all_amino94_dat
MolKit.data.build_all_in.all_aminoct94_dat
MolKit.data.build_all_in.all_aminont94_dat
MolKit.data.build_all_in.all_dat
MolKit.data.build_all_in.all_nuc94_dat
MolKit.data.build_all_in.allct_dat
MolKit.data.build_all_in.allnt_dat
MolKit.data.build_all_in.dict
MolKit.data.build_all_in.nh2e_dat
MolKit.data.build_all_in.opls_nacl_dat
MolKit.data.build_all_in.opls_uni_dat
MolKit.data.build_all_in.opls_unict_dat
MolKit.data.build_all_in.opls_unint_dat
MolKit.data.build_all_in.uni_dat
MolKit.data.build_all_in.unict_dat
MolKit.data.build_all_in.unint_dat
MolKit.data.nh2e_dat.nh2e_dat
MolKit.data.opls_nacl_dat.opls_nacl_dat
MolKit.data.opls_uni_dat.opls_uni_dat
MolKit.data.opls_unict_dat.opls_unict_dat
MolKit.data.opls_unint_dat.opls_unint_dat
MolKit.data.qkollua.q
MolKit.data.uni_dat.uni_dat
MolKit.data.unict_dat.unict_dat
MolKit.data.unint_dat.unint_dat
MolKit.genPdbParser.Default_FieldNames
MolKit.genPdbParser.variableTypes
MolKit.groParser.mol
MolKit.groParser.parser
MolKit.hydrogenBondBuilder.a2max
MolKit.hydrogenBondBuilder.a2min
MolKit.hydrogenBondBuilder.a3max
MolKit.hydrogenBondBuilder.a3min
MolKit.hydrogenBondBuilder.allAcceptors
MolKit.hydrogenBondBuilder.allDonors
MolKit.hydrogenBondBuilder.d2max
MolKit.hydrogenBondBuilder.d2min
MolKit.hydrogenBondBuilder.d3max
MolKit.hydrogenBondBuilder.d3min
MolKit.hydrogenBondBuilder.distCutoff
MolKit.hydrogenBondBuilder.distCutoff2
MolKit.hydrogenBondBuilder.sp2Acceptors
MolKit.hydrogenBondBuilder.sp2Donors
MolKit.hydrogenBondBuilder.sp3Acceptors
MolKit.hydrogenBondBuilder.sp3Donors
MolKit.listSet.verbose
MolKit.mmcifParser.SS_Data
MolKit.mmcifParser.mol
MolKit.mmcifParser.parser
MolKit.mmcifWriter.SS_Data
MolKit.mmcifWriter.mol
MolKit.mmcifWriter.parser
MolKit.mmcifWriter.writer
MolKit.molecule.bhtreeFlag
MolKit.molecule.raiseExceptionForMissingKey
MolKit.parm94_dat.AtomEquiv
MolKit.parm94_dat.Hbonds
MolKit.parm94_dat.JSOLTY
MolKit.parm94_dat.atomTypes
MolKit.parm94_dat.bondAngles
MolKit.parm94_dat.bondTypes
MolKit.parm94_dat.dihedTypes
MolKit.parm94_dat.improperDihed
MolKit.parm94_dat.potParam
MolKit.parm94_dat.title
MolKit.pdb2pqr.extensions.chi.__author__
MolKit.pdb2pqr.extensions.chi.__date__
MolKit.pdb2pqr.extensions.hbond.ANGLE_CUTOFF
MolKit.pdb2pqr.extensions.hbond.DIST_CUTOFF
MolKit.pdb2pqr.extensions.hbond.__author__
MolKit.pdb2pqr.extensions.hbond.__date__
MolKit.pdb2pqr.extensions.phi.__author__
MolKit.pdb2pqr.extensions.phi.__date__
MolKit.pdb2pqr.extensions.psi.__author__
MolKit.pdb2pqr.extensions.psi.__date__
MolKit.pdb2pqr.extensions.rama.__author__
MolKit.pdb2pqr.extensions.rama.__date__
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.apbs.NOSH_MAXCALC
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.apbs.NOSH_MAXMOL
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.apbs.Python_Na
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.apbs.Python_kb
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.apbs.__author__
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.apbs.__date__
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.example.NOSH_MAXCALC
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.example.NOSH_MAXMOL
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.example.PQR
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.example.Python_Na
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.example.Python_kb
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.example.__author__
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.example.__date__
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.example.input
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.example.potentials
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.example.size
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.ligand_topology.templates
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.ligandclean.ligff.BondiiRadiiDict
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.ligandclean.lookuptable.templates_attributes
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.ligandclean.peoe_PDB2PQR.Chargeterms
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.ligandclean.peoe_PDB2PQR.ground_states
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.ligandclean.templates.template
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.ligandclean.trial_templates.templates
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pMC_mult.DoubleVector_swigregister
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pMC_mult.FloatVector_swigregister
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pMC_mult.IntVector_swigregister
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pMC_mult.MC_swigregister
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pMC_mult.PySwigIterator_swigregister
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pMC_mult.new_instancemethod
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.CM
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.FAST
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.TITRATIONFILE
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.__author__
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.__date__
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.acidbase
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.count
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.debug
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.groups
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.intpkas
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.ip
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.is_charged_state
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.linear
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.mcsteps
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.mypkaRoutines
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.names
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.pKavals
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.pdb2pqr_path
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.phend
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.phidir
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.phstart
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.phstep
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.scriptpath
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.state
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.state_counter
MolKit.pdb2pqr.pdb2pka.pka.states
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.AAPATH
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.ANGLE_CUTOFF
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.BACKBONE
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.BONDED_SS_LIMIT
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.BUMP_DIST
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.BUMP_HDIST
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.CELL_SIZE
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.DIHEDRAL
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.DIST_CUTOFF
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.HDEBUG
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.HYDPATH
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.LIMIT
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.LOADPATH
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.LOCALPATH
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.LOGPATH
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.NAPATH
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.PATCHPATH
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.PEPTIDE_DIST
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.REFRESHTIME
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.REPAIR_LIMIT
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.SMALL
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.STYLESHEET
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.TMPDIR
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.WEBNAME
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.WEBSITE
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.__author__
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.__date__
MolKit.pdb2pqr.pdb2pqr.__version__
MolKit.pdb2pqr.propka.propkalib.runPKA
MolKit.pdb2pqr.src.aa.BACKBONE
MolKit.pdb2pqr.src.aa.DIHEDRAL
MolKit.pdb2pqr.src.aa.SMALL
MolKit.pdb2pqr.src.aa.__author__
MolKit.pdb2pqr.src.aa.__date__
MolKit.pdb2pqr.src.definitions.AAPATH
MolKit.pdb2pqr.src.definitions.BACKBONE
MolKit.pdb2pqr.src.definitions.BONDED_SS_LIMIT
MolKit.pdb2pqr.src.definitions.BUMP_DIST
MolKit.pdb2pqr.src.definitions.BUMP_HDIST
MolKit.pdb2pqr.src.definitions.CELL_SIZE
MolKit.pdb2pqr.src.definitions.DIHEDRAL
MolKit.pdb2pqr.src.definitions.NAPATH
MolKit.pdb2pqr.src.definitions.PATCHPATH
MolKit.pdb2pqr.src.definitions.PEPTIDE_DIST
MolKit.pdb2pqr.src.definitions.REPAIR_LIMIT
MolKit.pdb2pqr.src.definitions.SMALL
MolKit.pdb2pqr.src.definitions.__author__
MolKit.pdb2pqr.src.definitions.__date__
MolKit.pdb2pqr.src.forcefield.DIHEDRAL
MolKit.pdb2pqr.src.forcefield.SMALL
MolKit.pdb2pqr.src.forcefield.__author__
MolKit.pdb2pqr.src.forcefield.__date__
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.AAPATH
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.ANGLE_CUTOFF
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.BACKBONE
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.BONDED_SS_LIMIT
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.BUMP_DIST
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.BUMP_HDIST
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.CELL_SIZE
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.DIHEDRAL
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.DIST_CUTOFF
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.HDEBUG
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.HYDPATH
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.NAPATH
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.PATCHPATH
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.PEPTIDE_DIST
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.REPAIR_LIMIT
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.SMALL
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.__author__
MolKit.pdb2pqr.src.hydrogens.__date__
MolKit.pdb2pqr.src.na.BACKBONE
MolKit.pdb2pqr.src.na.DIHEDRAL
MolKit.pdb2pqr.src.na.SMALL
MolKit.pdb2pqr.src.na.__author__
MolKit.pdb2pqr.src.na.__date__
MolKit.pdb2pqr.src.protein.BACKBONE
MolKit.pdb2pqr.src.protein.DIHEDRAL
MolKit.pdb2pqr.src.protein.SMALL
MolKit.pdb2pqr.src.protein.__author__
MolKit.pdb2pqr.src.protein.__date__
MolKit.pdb2pqr.src.quatfit.DIHEDRAL
MolKit.pdb2pqr.src.quatfit.SMALL
MolKit.pdb2pqr.src.quatfit.__author__
MolKit.pdb2pqr.src.quatfit.__date__
MolKit.pdb2pqr.src.routines.AAPATH
MolKit.pdb2pqr.src.routines.BACKBONE
MolKit.pdb2pqr.src.routines.BONDED_SS_LIMIT
MolKit.pdb2pqr.src.routines.BUMP_DIST
MolKit.pdb2pqr.src.routines.BUMP_HDIST
MolKit.pdb2pqr.src.routines.CELL_SIZE
MolKit.pdb2pqr.src.routines.DIHEDRAL
MolKit.pdb2pqr.src.routines.NAPATH
MolKit.pdb2pqr.src.routines.PATCHPATH
MolKit.pdb2pqr.src.routines.PEPTIDE_DIST
MolKit.pdb2pqr.src.routines.REPAIR_LIMIT
MolKit.pdb2pqr.src.routines.SMALL
MolKit.pdb2pqr.src.routines.__author__
MolKit.pdb2pqr.src.routines.__date__
MolKit.pdb2pqr.src.server.LIMIT
MolKit.pdb2pqr.src.server.LOADPATH
MolKit.pdb2pqr.src.server.LOCALPATH
MolKit.pdb2pqr.src.server.LOGPATH
MolKit.pdb2pqr.src.server.REFRESHTIME
MolKit.pdb2pqr.src.server.STYLESHEET
MolKit.pdb2pqr.src.server.TMPDIR
MolKit.pdb2pqr.src.server.WEBNAME
MolKit.pdb2pqr.src.server.WEBSITE
MolKit.pdb2pqr.src.server.__author__
MolKit.pdb2pqr.src.server.__date__
MolKit.pdb2pqr.src.structures.BACKBONE
MolKit.pdb2pqr.src.structures.DIHEDRAL
MolKit.pdb2pqr.src.structures.SMALL
MolKit.pdb2pqr.src.structures.__author__
MolKit.pdb2pqr.src.structures.__date__
MolKit.pdb2pqr.src.utilities.DIHEDRAL
MolKit.pdb2pqr.src.utilities.SMALL
MolKit.pdb2pqr.src.utilities.__author__
MolKit.pdb2pqr.src.utilities.__date__
MolKit.pdbParser.a
MolKit.pdbParser.at
MolKit.pdbParser.bonds
MolKit.pdbParser.c2
MolKit.pdbParser.ca
MolKit.pdbParser.cb
MolKit.pdbParser.mol
MolKit.pdbParser.nbc
MolKit.pdbParser.polarNegativeCharged
MolKit.pdbParser.r1
MolKit.pdbParser.resc
MolKit.pdbParser.s1
MolKit.pdbParser.s2
MolKit.pdbParser.tot
MolKit.pdbWriter.mol
MolKit.pdbWriter.writer
MolKit.protein.bhtreeFlag
MolKit.radii_patterns.AAradii
MolKit.radii_patterns.AtomRadiiPatterns
MolKit.radii_patterns.compiled_patterns
MolKit.torTree.debug
MolKit.torTree.filename
MolKit.torTree.mol
MolKit.torTree.parser
MolKit.torTree.tt
MolKit.trajParser.DIM
MolKit.tree.verbose
[hide private]